A 2313 pode ser programado com um número de diferentes programadores.A mais barata é a porta paralela versão.WINAVR tem um programador incluído na distribuição chamado AVRDUDE.Isto pode programar a parte através de porta paralela, USB e portas seriais no computador.O AVR Studio pode programá-lo.Também numerosos programas como stand-alone PonyProg podemos lidar com este chip.
Trata-programas com a norma ISP ligação.
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